സത്യപ്രതിജ്ഞാ ചടങ്ങിൽ വന്ദേമാതരം പൂർണ്ണമായി ആലപിച്ചതിനെതിരെ കടുത്ത വിമർശനവുമായി സി പി എം. സംസ്ഥാന സെക്രട്ടേറിയറ്റ് രംഗത്തെത്തി. ചടങ്ങിൽ വന്ദേമാതരം പൂർണ്ണമായും അവതരിപ്പിച്ചത് തെറ്റായ നടപടിയാണെന്നും ഇത് ഒരു ബഹുസ്വര സമൂഹത്തിന് നിരക്കാത്തതാണെന്നും സി പി എം പ്രസ്താവനയിലൂടെ കുറ്റപ്പെടുത്തി. വർഗ്ഗീയമായി ജനങ്ങളെ വിഭജിക്കാനുള്ള ശ്രമങ്ങൾ രാജ്യത്ത് സജീവമാകുന്ന ഘട്ടത്തിൽ മതനിരപേക്ഷതയ്ക്ക് പോറലേൽപ്പിക്കുന്ന ഇത്തരമൊരു നടപടി സർക്കാരിന്റെ ഭാഗത്തുനിന്നും ഉണ്ടാകാൻ പാടില്ലായിരുന്നു. വന്ദേമാതര ഗാനത്തിന്റെ ചില ഭാഗങ്ങൾ ഒരു പ്രത്യേക മതത്തിന്റെ മാത്രം വിശ്വാസങ്ങളെ അവതരിപ്പിക്കുന്നതാണ്. അതുകൊണ്ടാണ് ഈ ഗാനത്തിന്റെ ആദ്യത്തെ എട്ട് വരികൾ മാത്രമേ ദേശീയ ഗീതമായി അവതരിപ്പിക്കാൻ പാടുള്ളൂ എന്ന് 1950 ജനുവരി 24 ന് ഭരണഘടനാ നിർമ്മാണ സഭ വ്യക്തമാക്കിയതെന്നും സി പി എം ചൂണ്ടിക്കാട്ടി.
