സംസ്ഥാനത്തെ സ്കൂളുകളിൽ സ്വാതന്ത്ര്യദിനാഘോഷ ചടങ്ങുകളിൽ വന്ദേമാതരം പാടില്ല. സംസ്ഥാന പ്രോട്ടോക്കോൾ വിഭാഗം ഇറക്കിയ സർക്കുലർ അനുസരിച്ച് ദേശീയഗാനം പാടാനുള്ള നിർദ്ദേശമാണ് പൊതുവിദ്യാഭ്യാസവകുപ്പ് സ്കൂളുകൾക്ക് കൈമാറിയത്. മുഖ്യമന്ത്രിയും മന്ത്രിമാരും മുഖ്യാതിഥികളാകുന്ന ആഘോഷ ചടങ്ങുകളിലും വന്ദേമാതരം ഉണ്ടാകില്ല.
വന്ദേമാതര വിവാദത്തിൽ മുഖ്യമന്ത്രി സസ്പെൻസാണ് ഇട്ടത്. എങ്കിലും സർക്കാരിന്റെ ഔദ്യോഗിക ചടങ്ങുകളിലും സ്കൂളുകളിലും വന്ദേമാതരം നാളെ പാടില്ല. വന്ദേമാതരം മുഴുവനായും പാടണമെന്ന കേന്ദ്ര സാംസ്ക്കാരിക വകുപ്പ് നിർദ്ദേശപ്രകാരം ചീഫ് സെക്രട്ടറി അയച്ച സർക്കുലറാണ് വൻവിവാദത്തിലായത്. സർക്കുലർ തിരുത്തിയില്ലെങ്കിലും സംസ്ഥാന സർക്കാരിന്റെ ഔദ്യോഗിക ചടങ്ങുകൾക്ക് പുറമെ സ്കൂളുകളിലും വന്ദേമാതരം പാടില്ല. സംസ്ഥാന പ്രോട്ടോക്കോൾ വിഭാഗം ഇറക്കിയ സർക്കുലറിൽ ദേശീയഗാനം പാടാനാണ് നിർദ്ദേശം.